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Rice references

Yu J., Hu S., Wang J., Wong G.K., Li S., Liu B., Deng Y., Dai L., Zhou Y., Zhang X., Cao M., Liu J., Sun J., Tang J., Chen Y., Huang X., Lin W., Ye C., Tong W., Cong L., Geng J., Han Y., Li L., Li W., Hu G., Huang X., Li W., Li J., Liu Z., Li L., Liu J., Qi Q., Liu J., Li L., Li T., Wang X., Lu H., Wu T., Zhu M., Ni P., Han H., Dong W., Ren X., Feng X., Cui P., Li X., Wang H., Xu X., Zhai W., Xu Z., Zhang J., He S., Zhang J., Xu J., Zhang K., Zheng X., Dong J., Zeng W., Tao L., Ye J., Tan J., Ren X., Chen X., He J., Liu D., Tian W., Tian C., Xia H., Bao Q., Li G., Gao H., Cao T., Wang J., Zhao W., Li P., Chen W., Wang X., Zhang Y., Hu J., Wang J., Liu S., Yang J., Zhang G., Xiong Y., Li Z., Mao L., Zhou C., Zhu Z., Chen R., Hao B., Zheng W., Chen S., Guo W., Li G., Liu S., Tao M., Wang J., Zhu L., Yuan L., Yang H.;
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Goff SA., Ricke D., Lan TH., Presting G., Wang R., Dunn M., Glazebrook J., Sessions A., Oeller P., Varma H., Hadley D., Hutchison D., Martin C., Katagiri F., Lange BM., Moughamer T., Xia Y., Budworth P., Zhong J., Miguel T., Paszkowski U., Zhang S., Colbert M., Sun WL., Chen L., Cooper B., Park S., Wood TC., Mao L., Quail P., Wing R., Dean R., Yu Y., Zharkikh A., Shen R., Sahasrabudhe S., Thomas A., Cannings R., Gutin A., Pruss D., Reid J., Tavtigian S., Mitchell J., Eldredge G., Scholl T., Miller RM., Bhatnagar S., Adey N., Rubano T., Tusneem N., Robinson R., Feldhaus J., Macalma T., Oliphant A., Briggs S.
"A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. japonica).";
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International Rice Genome Sequencing Project.
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Chromosome I complete sequence

Sasaki T., Matsumoto T., Yamamoto K., Sakata K., Baba T., Katayose Y., Wu J., Niimura Y., Cheng Z., Nagamura Y., Antonio B.A., Kanamori H., Hosokawa S., Masukawa M., Arikawa K., Chiden Y., Hayashi M., Okamoto M., Ando T., Aoki H., Arita K., Hamada M., Harada C., Hijishita S., Honda M., Ichikawa Y., Idonuma A., Iijima M., Ikeda M., Ikeno M., Ito S., Ito T., Ito Y., Ito Y., Iwabuchi A., Kamiya K., Karasawa W., Katagiri S., Kikuta A., Kobayashi N., Kono I., Machita K., Maehara T., Mizuno H., Mizubayashi T., Mukai Y., Nagasaki H., Nakashima M., Nakama Y., Nakamichi Y., Nakamura M., Namiki N., Negishi M., Ohta I., Ono N., Saji S., Sakai K., Shibata M., Shimokawa T., Shomura A., Song J., Takazaki Y., Terasawa K., Tsuji K., Waki K., Yamagata H., Yamane H., Yoshiki S., Yoshihara R., Yukawa K., Zhong H., Iwama H., Endo T., Ito H., Hahn JH., Kim HI., Eun MY., Yano M., Jiang J., Gojobori T.
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Chromosome III complete sequence

Soderlund C., Nelson W., de la Bastide M., Spiegel L., Nascimento L., Huang E., Preston R., Zutavern T., Palmer L., O'Shaughnessy A., Dike S., McCombie W.R., Minx P., Cordum H., Wilson R., Jin W., Lee H.R., Jiang J., Jackson S.
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Chromosome IV complete sequence

Feng Q., Zhang Y., Hao P., Wang S., Fu G., Huang Y., Li Y., Zhu J., Liu Y., Hu ., Jia P., Zhang Y., Zhao Q., Ying K., Yu S., Tang Y., Weng Q., Zhang L., Lu Y., Mu J., Lu Y., Zhang LS., Yu Z., Fan D., Liu X., Lu T., Li C., Wu Y., Sun T., Lei H., Li T., Hu H., Guan J., Wu M., Zhang R., Zhou B., Chen Z., Chen L., Jin Z., Wang R., Yin H., Cai Z., Ren S., Lv G., Gu W., Zhu G., Tu Y., Jia J., Zhang Y., Chen J., Kang H., Chen X., Shao C., Sun Y., Hu Q., Zhang X., Zhang W., Wang L., Ding C., Sheng H., Gu J., Chen S., Ni L., Zhu F., Chen W., Lan L., Lai Y., Cheng Z., Gu M., Jiang J., Li J., Hong G., Xue Y., Han B.
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Chromosome V complete sequence

Cheng C.H., Chung M.C., Liu S.M., Chen S.K., Kao F.Y., Lin S.J., Hsiao S.H., Tseng I.C., Hsing Y.I., Wu H.P., Chen C.S., Shaw J.F., Wu J., Matsumoto T., Sasaki T., Chen H.H., Chow T.Y.
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Kao F.I., Cheng Y.Y., Chow T.Y., Chen H.H., Liu S.M., Cheng C.H., Chung M.C.
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Chromosome X complete sequence

Yu Y., Rambo T., Currie J., Saski C., Kim H.-R., Collura K., Thompson S., Simmons J., Yang T.-J., Nah G., Patel A.J., Thurmond S., Henry D., Oates R., Palmer M., Pries G., Gibson J., Anderson H., Paradkar M., Crane L., Dale J., Carver M.B., Wood T., Frisch D., Engler F., Soderlund C., Palmer L.E., Teytelman L., Nascimento L., De la Bastide M., Spiegel L., Ware D., O'Shaughnessy A., Dike S., Dedhia N., Preston R., Huang E., Ferraro K., Kuit K., Miller B., Zutavern T., Katzenberger F., Muller S., Balija V., Martienssen R.A., Stein L., Minx P., Johnson D., Cordum H., Mardis E., Cheng Z., Jiang J., Wilson R., McCombie W.R., Wing R.A., Yuan Q., Ouyang S., Liu J., Jones K.M., Gansberger K., Moffat K., Hill J., Tsitrin T., Overton L., Bera J., Kim M., Jin S., Tallon L., Ciecko A., Pai G., Van Aken S., Utterback T., Reidmuller S., Bormann J., Feldblyum T., Hsiao J., Zismann V., Blunt S., de Vazeille A.R., Shaffer T., Koo H., Suh B., Yang Q., Haas B., Peterson J., Pertea M., Volfovsky N., Wortman J., White O., Salzberg S.L., Fraser C.M., Buell C.R., Messing J., Song R., Fuks G., Llaca V., Kovchak S., Young S., Bowers J.E., Paterson A.H., Johns M.A., Mao L., Pan H., Dean R.A.
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Chromosome XI and XII complete sequences

The Rice Chromosomes 11 and 12 Sequencing Consortia.
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Mitochondrial genome

Notsu Y., Masood S., Nishikawa T., Kubo N., Akiduki G., Nakazono M., Hirai A., Kadowaki K.
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Chloroplast genome

Hiratsuka J., Shimada H., Whittier R., Ishibashi T., Sakamoto M., Mori M., Kondo C., Honji Y., Sun C.R., Meng B.Y., et al.
"The complete sequence of the rice (Oryza sativa) chloroplast genome: intermolecular recombination between distinct tRNA genes accounts for a major plastid DNA inversion during the evolution of the cereals.";
Mol Gen Genet 217:185-194 (1989).
(PubMed=2770692)

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